彌彥死后，長門再次遭受失去重要之人的巨大打擊，他意識到之前找到的答案根本就一文不值。
認定只要在這個被詛咒的世界，不會有真正的和平，人與人是永遠不會相互理解的，對和平的理解走上了極端。
于是長門和宇智波帶土合作，計劃收集尾獸，開發新的禁術，制造尾獸兵器，獲得可以瞬間摧毀一個國家的力量，靠人類對那些痛楚的恐懼來抑制戰爭，以痛苦的方式引導世界，讓世界走向安定與和平。
曉也因此改變了性質，從原來的雇傭兵組織變成了一個由S級叛忍組成的邪惡組織。
自來也為打探曉首領的情報，潛入了雨隱之村。
之后見到了佩恩及小南，這才知道原來曉首領佩恩是自己第二次忍界大戰末期在雨隱之村所收的徒弟——長門。
冷酷無情的佩恩已不再顧念師徒之情，故一場師徒之戰一觸即發。
自來也使出仙人模式，并召來兩位蛤蟆仙人（深作及志間仙人）相助，成功打敗了佩恩三道。
但因之后不了解佩恩六道的相關情報，所以最終被佩恩六道打敗而犧牲（淚目）。
但最后自來也查出了佩恩六道及其本體的秘密（都是自己曾經遇到的忍者，佩恩六道均為尸體傀儡，受長門操控）。
第四次忍界大戰時期，長門被藥師兜用穢土轉生復活，并與宇智波鼬一起行動。
后被兜控制與鳴人和奇拉比戰斗。
失去意識的長門，缺乏自主機動性。
在吸收奇拉比的八尾查克拉后身體恢復了原來年輕狀態，但由于腿上的傷，依然無法自如行動，兜便以通靈獸的輪回共享視野彌補這一缺點，相繼捕獲鳴人與奇拉比，兩人危在旦夕。
但最終卻因中了別天神而脫離兜控制、隱蔽起來的宇智波鼬從死角射出苦無破壞視野共享而失手。
之后長門使出地爆天星，鼬分析出地爆天星的特征以及弱點并引導鳴人與奇拉比一起合力使用最強遠程攻擊忍術破解了地爆天星，隨即長門被宇智波鼬的十拳劍所封印。
在臨死之際，長門恢復了意識，對自己的一生做了評價，充分認同師父自來也的第一部作品，給予了堪稱完美的評價；
對自己的第二部作品給予了一般評價；
并把希望寄托于鳴人，希望鳴人的第三部——完結篇，能夠完美落幕，抹掉自己的第二部的缺憾。
最后，長門帶著希望，含笑而逝。
繼而，長門被贏徹召喚來了這個世界，太元世界！
此刻，長門站在那里，面上相對于在火影世界，少了一分怨恨，多了一分欣然。
盡管看起來依然很少有表情，是因為這是長門多年來的習慣，一時間難以改變。
長門身旁的銀發青年名為殺生丸，乃是狗狗的哥哥，宿敵。
幸虧狗狗早早的便離去了，不然一場狗狗大戰或許便會在贏徹眼前上演。
姓名：殺生丸
來源：犬夜叉
身份：西之國王子
修為：五階初期
能力：天生牙，斗鬼神，冥道殘月破，蒼龍破，毒華爪
評價：戰栗的貴公子！
殺生丸是斗牙王之子，真正的全妖，實力十分強大，也因此而非常高傲自負。
他極其厭惡具有人類血統的半妖犬夜叉，由于不滿父親將威力巨大的鐵碎牙留給犬夜叉，將不能殺人的天生牙留給自己。
為了得到父親的遺物鐵碎牙殺生丸與仆人邪見四處尋找父親的墓地。
找到犬夜叉后的殺生丸利用妖怪無女假扮犬夜叉過世的母親十六夜接近犬夜叉。
在套出墓地所在后殺生丸起了殺心，想殺害犬夜叉，但無女因為母愛散發為了保護犬夜叉而死。
在犬夜叉得到鐵碎牙后，殺生丸妖化成犬型，然而鐵碎牙感知到犬夜叉保護人類的決心，妖化了的鐵碎牙斬斷了殺生丸的左臂（噗，劇情殺）。
殺生丸后來更是三番兩次的試圖奪取鐵碎牙。
后來，被犬夜叉以風之傷重創，幾乎喪命。
幸好父親的另一件遺物——天生牙自動張開結界，救下了殺生丸，也因此遇見了使殺生丸冷酷個性開始轉變的關鍵人物——人類的孤女鈴，剛開始的鈴不會說話。
直至遇到被犬夜叉用風之傷重創不能動彈的殺生丸。
用其天真溫暖的笑容融化殺生丸冰冷寂寞的心中的堅冰。
后在鈴被狼咬死時，殺生丸第一次使用了天生牙，令鈴起死回生且帶在身邊。
正是這個善良的小女孩，開啟了殺生丸冰冷的內心，并逐步喚醒了他隱藏的溫柔。
殺生丸的嗅覺靈敏，腕力非常，常用毒華爪、光鞭對敵。
因為配刀天生牙只能救人、不能殺人，他特地取得咬斷了鐵碎牙的悟心鬼的牙齒，交給灰刃坊打造出了邪刀斗鬼神。
但對魍魎丸一役中，找書苑 wｗw.ｚhaoshuyuａn.ｃoｍ 斗鬼神折斷，面對肆意侮辱神樂的魍魎丸，殺生丸第一次為了別人感到憤怒，感知了這一切的天生牙，在刀刀齋的鍛造下，變成了一把可以使用冥道殘月破來攻擊對手的武器。
殺生丸為了追求武器招式冥道殘月破的更加強大的能力而去見母親，在母親的考驗之下進入了冥道中，面對鈴的死亡殺生丸產生了對世間生命的慈悲之心，此時天生牙再次變強，將冥道殘月破變為更加巨大的狀態。
在與死鬼神的戰斗中得知天生牙是鐵碎牙抽取出來的一部份而憤怒不已，與犬夜叉的鐵碎牙的配合，使天生牙招式冥道殘月破變成滿月，但也因此知道了父親的用意，要將修煉完成冥道殘月破，藉由鐵碎牙的吸收能力，贈送給犬夜叉。
之后借用奈落給予之神無之鏡的碎片與犬夜叉戰斗，認同他為正統繼承人并將冥道殘月破贈與犬夜叉，天生牙變回原本治愈之刀。
在曲靈一戰中，殺生丸被曲靈的刺穿了身體，被曲靈從奈落那里弄來的身體包圍，就在鈴、邪見、犬夜叉等人都極度擔心他的安危之時，肉團中發出了綠光并炸開肉團。
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