當Malik去控制這失控的情況之時，阿泰爾獨自走進邁斯亞夫的城堡，在這里等待他的只有艾爾·慕瓦林和他手中的蘋果，這個背叛者解釋蘋果的能力是可以去控制其他人的內心，通過這個能力，人類能得到真正的和平。雖然阿泰爾可以抵擋部分蘋果的影響，但他依然被迫與擁有蘋果，并用其能力放出自己和之前已經被阿泰爾殺死的九個圣殿騎士的幻影的艾爾·慕瓦作戰。阿泰爾擊倒了所有的幻影，并最終殺死了艾爾·慕瓦林，在他臨死前，艾爾·慕瓦林說阿泰爾不會去毀滅蘋果，因為他的那高尚的心不會允許他這樣做……
隨著艾爾·慕瓦林的死亡，阿泰爾成為了兄弟會的新首領，指引著刺客與圣殿騎士繼續對抗，他調查了圣殿騎士從阿卡到塞浦路斯的舉動，并追尋著他們的新領導：Armand Bouchart。與此同時，阿泰爾開始書寫日記（The Codex），以此記錄他的經歷和對伊甸蘋果的研究——正如他導師臨死前所說的，他并沒有把蘋果毀滅掉。在他追尋圣殿騎士的過程中，阿泰爾重遇因為Robert de Sablé的死而不再受騎士團重用的MariaThorpe，她拒絕與阿泰爾合作，因此阿泰爾捉住了她并帶她到了塞浦路斯的利馬索爾，此時整個島已經受到了Bouchart的控制，阿泰爾與刺客的盟友，本地抵抗組織的頭目阿歷山大會面。阿歷山大非常歡喜地把Maria關在利馬索爾的抵港組織據點里，并幫助阿泰爾去搜索他認為圣殿騎士用于藏匿伊甸碎片的檔案館
很不幸，這次搜索因為圣殿騎士攻擊抵抗組織據點而中斷，而Maria更是借此逃到了Bouchart那，但因為Bouchart不相信Maria的忠誠，Maria還是難逃牢獄之災。阿泰爾成功地把Maria救出并帶著她再次追尋Bouchart到達凱里尼亞，阿泰爾嘗試去與Maria解釋，腐敗令圣殿騎士失去了野心，正如自由的重要性過度限制了教團并使之無法得到和平——一切都會因此變得徒勞無功。緊接著他們到達凱里尼亞，阿泰爾開始尋找凱里尼亞抵抗組織首領的幫助，而組織的領導：Barnabas則要求阿泰爾去幫他暗殺商人Jonas，一個被掛上背叛抵抗組織之名的人。而Jonas則通過向阿泰爾透ouchart的本地官員Moloch以要求抵消他的罪孽。另一方面，Maria被Moloch的兒子Shalim給逮捕。這時阿泰爾才意識到其實這個Barnabas是冒牌的，而且他還是圣殿騎士的間諜，真正的Barnabas早就在阿泰爾來到凱里尼亞前一天被處決。
阿泰爾開始追擊Shalim并且從中得知Maria已經從守衛手中逃脫，偽裝了的Maria進入圣希拉里翁城堡，并質問Shalim的哥哥Shahar，究竟何為騎士團真正的野心。得到答案的Maria剛走，阿泰爾就到達城堡并與兄弟倆對決。順利解決掉他們以后，阿泰爾反回利馬索爾，發現整個城市都處于一片混亂，毫無秩序的抵抗軍和猖獗的圣殿騎士士兵布滿了整個城市，此外，Bouchart的間諜，那個在凱里尼亞扮演Barnabas的人帶隊開始攻擊抵抗軍，并用Jonas的死讓抵抗軍去攻擊阿泰爾——因為間諜知道了伊甸的蘋果就在阿泰爾手上并希望將其奪走。然而得知騎士團想濫用蘋果力量的真正意圖后，Maria及時出現并殺死了Bouchart的間諜，他們二人一起殺進地底檔案室，在接下來的對抗中，Bouchart解釋道其實圣殿騎士團已經開始把他們的資源從塞浦路斯轉移走并以此保護它們不讓刺客獲得。在已經變得空空如也的檔案室，阿泰爾戰勝并殺死了Bouchart，然后和Maria順利逃脫。
在塞浦路斯的事件完結后，阿泰爾告訴Maria他希望投入更多的時間來研究伊甸蘋果的秘密和宇宙的奧秘。Maria則決定加入他的行列并最終變成了他的妻子。她給他生了孩子，而阿泰爾則把他剩余的一生全部奉獻在蘋果的學習上，使用那些他所發現的知識，阿泰爾發明了很多新科技和可以使刺客變得更強的新裝備，例如毒刃和近乎無敵的鎧甲。而借著蘋果的力量他也窺看到遙遠的過去——那次大災難所導致的滅亡，而他的知識也推動他把他的手抄本變成指向那些“先知”的路標。
作為刺客的首領，阿泰爾帶來了各種的革新，拋棄了很多教團之前所用的儀式要素，這些舉動標志著兄弟會的復興并借此變成一個地下組織。隨后，暴君成吉思汗崛起的聲音傳到了他耳邊。相信成吉思汗有今天的霸業全因伊甸的碎片的阿泰爾，帶著Maria和他們大兒子Darim前往東方去阻止即將來臨的危機。找書苑 ｗｗw.zhaoｓhuｙuan.com
在這期間，阿泰爾讓Malik治理邁斯亞夫和兄弟會，并讓他的小兒子Sef留在Malik身邊，正當阿泰爾離開，Abbas，那個阿泰爾以前的朋友但現在的敵人，殺死了他的小兒子并把責任推卸給Malik，此舉也令他變成了兄弟會的新首領，當阿泰爾回來。Abbas殺死了Malik并嫁禍于阿泰爾，這次事件最終在憤怒的阿泰爾用蘋果的力量下結束，而這也意外地令Maria身亡，悲痛欲絕的阿泰爾離開了邁斯亞夫，而Abbas成功地奪得了兄弟會的控制權。直到了20年后阿泰爾的回歸才把事情搬回正軌，此時，邁斯亞夫的刺客們熱烈的期待著他們領導的歸來，并幫助阿泰爾去除去Abbas。
再次執掌兄弟會的阿泰爾，在邁斯亞夫建立起了一個藏書室，在1257年，他邀請探險家Maffeo和ò Polo兄弟來參觀圖書館，阿泰爾詳述了他的一生給ò，而他則把這些經歷都寫下來并傳給了他兒子馬可波羅（）。與此同時，阿泰爾開始把慢慢地解散了兄弟會——為了把更多的刺客派遣到世界各地。該年年末，因為成吉思汗的死而來報復的蒙古軍隊包圍了邁斯亞夫，阿泰爾幫助Maffeo和ò兄弟逃離了城市，并給予他們五個同時也是阿泰爾秘密圖書館的鑰匙的記憶印章，同時他也把他的手抄本，各種用具和私人物品給予了探險家兄弟倆，相信他們有能力把刺客的種子播滿全世界……
阿泰爾?伊本?拉阿哈德——1165-1257
