在他們不在的這段時間里，整個世界風起云涌，發生了許多事情。
「神之右席」的右方之火，在得知蘿拉遇襲并對外宣布修養（實際上開始研究伯利恒之星）后，通過布置在清教內線得知了伯利恒之星的消息。加上讓人忌憚的奧萊爾斯和奧帝努斯失蹤，覺得時機已經成熟，于是開始了他的“讓世界歸位”的計劃。
右方之火控制了教皇馬釘利斯，成為了羅馬正教的真正“支配者”。為收集“伯利恒計劃”所需要的所有物資和數據，讓“必須打倒的敵人（世間的惡意）”浮出臺面，通過操控羅馬正教和俄羅斯成教發動了第三次世界大戰。
10月15日，英國清教三大勢力之一的「騎士派」控制者，英國二王女凱莉莎根據當下世界的大趨勢作出預判，斷定在不久的將來世界將卷入一場大規模的沖突當中。
英國清教雖是十字教分支，但與羅馬的正教關系一向不睦，明爭暗斗，權謀詭計，雙方的矛盾終有一日無法調節。而現在伯利恒之星落到清教手中，對自恃十字教正統并試圖號令十字教各教系的正教形成了鮮明威脅。
未來將會演變成直接沖突。
到時英國清教的實際領導者，「必要之惡教會」的最大主教蘿拉必然尋求外力支持，與科學側的學園都市結盟，而與此同時羅馬正教必定拉攏俄羅斯成教，雙方坐上同一輛戰車。
世界將分為兩大陣營，以英國清教和學園都市為首的科學側，以及以羅馬正教、俄羅斯成教為首的魔法側。
雖然英國清教也算魔法側，但凱莉莎毫不懷疑，當時局發展到一定階段的時候，蘿拉必定會尋求與學園都市結盟，共同對抗羅馬正教！
但是凱莉莎料定，不論最后的獲勝方是英國清教和學園都市聯盟，還是羅馬正教以及俄羅斯成教團體，英國都會衰敗。如果羅馬正教勝利，英國則會馬上被毀滅。而如果學園都市方勝利，魔法國家英國也會被孤立。
兩種結果都是她不可接受的，為拯救英國，在10月18日，不列顛萬圣之夜，凱莉莎決定發動政變控制英國，隨后試圖用自己的方法——將國家級術式「卡提納」的使用權限擴大到英國本土外部，最后將羅馬正教勢力趕出歐洲。
10月17日，利用魔法結社「新生之光」發掘和運送「卡提納·正統」儀典劍。在得到「卡提納·正統」并獲得了天使長“似神者”米迦勒之力后悍然發動政變，控制英國大部分的領土，并打算在政變成功后進軍歐洲大陸。
10月18日凌晨，持「卡提納」發動的「全次元切斷術式」由于在英國清教三大勢力之一的「清教派」的強制干擾下，「卡提納·正統」陷入暴走，大約五成力量被剝奪。隨后「騎士派」騎士團長戰敗，使得整個「騎士派」陷入動搖。
在「清教派」的反擊中，「皇室派」領袖英國女王伊莉莎發動術式「聯合的意義」，在「卡提爾·第二」的力量已經消失的情況下，最終由于受到茵蒂克絲使用「強制詠唱」干擾，利用凱莉莎一時間失去對「卡提爾·正統」控制的間隙，上條當麻使用「幻想殺手」將「卡提納·正統」擊碎。
政變結束后，被分配給國民的「天使之力」重新回到「卡提納·第二」。
……
……
10月15日，羅馬正教判定上條當麻的右手有著抹殺十字教未來的風險，視上條當麻為潛在威脅，并派遣暗殺隊伍斬斷其右臂，或者對上條當麻進行人道毀滅。
10月17日，英國清教發布了“禁書目錄召回令”，茵蒂克絲被召回協助調查歐洲隧道爆炸事件。在飛往英國的航班上一度遭到恐怖分子綁架。之后卷入了二王女凱莉莎的政變。
10月17日，為了獲得禁書目錄的遠距控制靈裝，右方之火使用羅馬正教、俄羅斯成教的力量使英國孤立。并于18日二王女發動政變之際入侵英國，奪取了茵蒂克絲的遠距控制靈裝。
10月18日，被保管在圣喬治大教堂地下密室中的伯利恒之星失竊。
10月18日，為救被右方之火奪取了“靈裝”而失去意識的茵蒂克絲，上條當麻只身前往右方之火的老巢俄羅斯。
10月18日，右方之火操縱羅馬正教和俄羅斯成教發布“宣戰布告”。
10月19日，學園都市「特別調查課」獲知消息，全體能力者前往俄羅斯。與此同時，俄羅斯成教大肆入侵學園都市，在學園都市展開交戰。
世界大戰爆發。
三日后，羅馬正教宣布圣戰日，耶路撒冷十字軍開撥，準備徹底殲滅英國清教。
五日后，法國、英國、美國、俄羅斯、德國宣布參戰，黑海艦隊、法國海軍艦隊、大西洋艦隊共同朝著英國海域逼近。英國本土艦隊搭載清教魔法部隊迎敵。
戰火瞬間爆發，主戰場的硝煙在整片歐洲上空飄散，地中海、北非、西亞等地全部卷入其中。另外第二戰場，學園都市與俄羅斯成教所在地，同樣爆發了大規模的沖突。
伊利沙里納獨立國同盟內，伊利沙里納對逃亡于此的莎夏·克洛伊潔芙和前方之風予以了庇護。但沒多久莎夏被右方之火擄走。
10月30日，俄羅斯成教襲擊學園都市宣告失敗。加上梅伊比斯和鈴科百合子的突然回歸，成教宣告撤離。
同時，時空管理局派駐魔禁世界的監察者奧萊爾斯在獲得梅伊比斯授權的情況下插手，右方之火的計劃敗露，第三次世界大戰戛然而止。
隨后羅馬正教教皇馬釘利斯重新掌權，在學園都市、羅馬正教、英國清教、俄羅斯成教四方聯合下，右方之火的計劃受到前所未有的阻力。
10月30日，第三次世界大戰終戰日。上條當麻潛入巨大要塞“伯利恒之星”，在“伯利恒計劃”的最后階段，上條當麻的右手被右方之火砍斷，右方之火完成“第三只手”——「神圣右方」。但上條當麻詭異的再度長出右臂，伴隨人心的善念戰勝惡念，「神圣右方」迅速失去力量，并被上條當麻破壞。
戰斗結束后，上條當麻將救生艙讓渡給右方之火，但因他曾窺見了在“幻想殺手”中隱含的“某種東西”，并導致了亞雷斯塔的計劃不得不“繞遠路”。遠在學園都市的亞雷斯塔惱怒之余，通過量子糾纏態以虛擬的形式出現在俄羅斯，并以一招砍下右方之火的右手「神圣右方」。
失去右手的右方之火變成了普通人，被趕來的奧萊爾斯和席薇亞回收。
11月5日，第三次世界大戰休整基本完成。羅馬正教進行整編，教皇馬釘利斯宣布退位，樞機主教彼得·尤古迪斯接任教皇之位。
同日，失蹤的上條當麻奇跡般回歸學園都市。
由于奧帝努斯已經前往時空管理局赴任，所以原本應該發生在11月13日的事情并沒有發生。
在原著中，那一日，在已經被壓制的巴格吉城，奧帝努斯在其屬下「格雷姆林」的魔法師瑪麗安·絲琳格奈婭被擊破之際出現，順便捏斷了上條當麻的右手并粉碎了寄宿在其體內的“看不見的存在”，找書苑 ｗww.ｚhaoshuｙuａn.com 并回收了瑪麗安。而上條當麻則應該被奧萊爾斯和右方之火回收，并接上右臂，送回學園都市。
……
……
“亞雷斯塔的算計最終還是出現了一個大漏洞。”在「特別調查課」的院子里，梅伊比斯搖著頭說道。
……
英國清教那邊，實際控制者蘿拉·斯圖亞特，優雅地喝著紅茶，臉上帶著淡淡的微笑。“亞雷斯塔，終歸還是露出破綻了。”
第三次世界大戰終戰日那天，短暫現身俄羅斯雪原并一招擊敗了右方之火的人正是亞雷斯塔，此訊息自然被英國清教方面收集到了。而伴隨著第三次世界大戰后，學園都市、羅馬正教、俄羅斯成教均已元氣大傷，英國清教雖然也不能幸免，但是就最高的戰力而言，隨著奧萊爾斯和奧帝努斯的退出，唯有亞雷斯塔的學園都市以及蘿拉的英國清教還有一決高下的資格。
通過對影像資料的分析，清教方面判定出了亞雷斯塔就是那個本應已死于1947年12月1日英國清教刺客之手的邪惡的魔法師。
對于這個消息，蘿拉臉上并無任何驚訝的表情。
“接下來出于魔法側的大義，該是討伐亞雷斯塔的時候了。通過宗教審判，將學園都市和科學陣營完全收入囊中，似乎也不是不可能。”
但是想到學園都市還有一個梅伊比斯存在，她又不由搖了搖頭，“真是傷腦筋啊……”
……
……
—魔禁篇終—
