2090年，地球已經徹底變得不適宜人類生存，地球外部氣溫最低可達零下七十多度，大量黑戶人類死亡，只有躲在家里享受政府食物供給的人類才能夠茍延殘喘。同年冷清秋對外宣布死訊，偉大的人類科學家清秋居士死亡，享年90歲。
2091年，由c國負責制造的第一艘創世者號飛船主體建造完畢，只剩下內部設施還未調配。同年歐萌與南美的創始者號飛船先后主體完工。同年朱晨星死亡，享年86歲。
2093年，非洲制造的創世者號主體建設完畢，非洲叔叔開始飛船試運行。可因為其中一位非洲調試員在調試過程中吸毒，錯按了核聚變反應堆緊急排空按鈕，導致核聚變反應堆出現毀滅性故障，非洲創世者號飛船爆炸，包括非洲最頂尖科學家在內的大量人員死亡。
2094年，南美洲智利和巴西為了搶奪對方的創世者號發起戰爭，最終雙方同歸于盡，創世者號也在戰爭中毀滅。
2095年，歐萌發生消失了兩百年的黑死病疫情，整個歐萌人類在短短的一年之間死亡超過8成，俄國見狀準備搶奪歐萌的創世者號，歐萌殘余的高層知道歐萌已經滅亡，索性直接引燃了所有創世者號的核聚變反應堆，歐萌的三艘創世者號全部毀滅。
2096年，冷清秋向c國表示這是特魯卡星人的陰謀，是特魯卡星人在暗中操縱一切，開始控制人類自我毀滅屬于自己的創世者號，不過同時冷清秋暴露了自己并沒有死的真相。可惜此時的c國高層和冷清秋發生了嚴重的對立，c國高層甚至想要抓住冷清秋，搶奪冷清秋能夠長生不老的秘密，最終冷清秋和朱晨星墮入太平洋海底基地之中，同時預見到事情要出現最糟糕情況的冷清秋開始帶領冷木棉，冷雛菊，冷幼菊暗中搜索地球上的領航者。
2097年，所有幸存的創世者號飛船開始準備升空，帶著幸存人類離開地球，飛向宇宙。可是當飛船升高到離地100米的時候就再也無法繼續升空……此時人類驚訝地發現，地球的重力在不知不覺中已經增大了三倍。創世者號設定的離地推力已經無法再推動創世者號離開地球。
2098年，人類正式放棄對創世者號的改造，宣布創世者號計劃失敗，殘存人類只能等待末日降臨。同時木棉號飛船完工，冷清秋正式對外宣布木棉號飛船可以接收殘余的人類，讓所有人類安靜的在家等待，他會派出小型飛船接收殘余人類上船。
可實際上木棉號的容量只有100萬人，地球上幸存人類卻足足有1000多萬人。冷清秋欺騙了這1000萬人，他只是將中的30萬c國精英以及他們的家屬接到了木棉號飛船，冷清秋只是為了避免地球出現暴動才謊稱能夠將1000萬人全部接上船，于是其余人類被冷清秋放棄。
2099年，在冷清秋的執意之下，直到地球毀滅倒計時的第十天，木棉號才從地球升空，進入宇宙軌道。十天后，在距離地球1000萬公里位置上，冷清秋全程目睹了地球的毀滅。同時冷清秋發現宇宙中其實存在可以將毀滅的星球重新復原的技術，于是冷清秋暗中發誓，有朝一日一定要將地球給恢復到原本的樣子。
離開地球后一個月，全速飛行的木棉號飛船正式離開了太陽系范圍，抵達了廣闊無垠的黑暗地帶。同時幸存者中的領航者開始如同下餃子一般覺醒。在十年之內，木棉號中總共覺醒了671位領航者，不過其中多數為啟迪者，只有少數其他種類的領航者。
2110年，冷清秋正式對木棉號中所有幸存者宣布，舍棄公元紀年，以人類離開地球那一日開始執行清秋紀，此刻為清秋紀年10年1月1日。
15年3月1日，木棉號后方位置出現一艘未知戰艦，該戰艦以特魯卡文明E級軍事偵察船的名義向人類文明宣戰。雖然顧寒最終使用木棉號的禁斷兵器擊毀了這艘未知戰艦，但木棉號損失慘重，1/3區域被徹底擊毀，動力系統受到嚴重損害，幸運的是領航者因為保護嚴密所以并沒有受傷。
不過通過勘察特魯卡文明戰艦里的情報得知，軍事偵察船毀滅的消息已經上報給了附近的特魯卡監測站，最遲在100年內就會有一支特魯卡游騎兵艦隊向人類文明發動最后的一擊，特魯卡游騎兵艦隊的實力相當于軍事偵察船的1000倍。
木棉號必須要修理才能夠繼續前進，最終顧寒通過完成宇宙游戲系統的任務得知了一顆擁有修復木棉號所有必要資源的大型隕石的位置，木棉號開始向那顆大型隕石出發。
35年6月7日，在經過足足二十年的航行之后，木棉號終于抵達了這顆大型隕石，冷清秋派出大量機器人執行木棉號的修復工作。
41年7月7日，木棉號內部發生暴動，一部分領航者企圖搶奪木棉號和所有領航者的領導權。冷清秋猝不及防，情勢一度陷入極度危機之中。幸虧最后冷清秋領袖者能力爆發，讓包裹朱晨星，冷木棉，冷雛菊，冷幼菊在內的所有領航者強制進入昏迷狀態，不知道何時何地才能夠清醒。
叛亂雖然已經平定，可人類卻暫時失去了他們引以為支柱的大量領航者，木棉號飛船的修復工作備受打擊。
49年10月1日，人類在航行路徑上撒下的監測器被摧毀，不過監測器最后卻傳來了特魯卡文明戰艦的圖像，這意味著特魯卡文明的游騎兵艦隊將在一年之內抵達木棉號暫時停靠的隕石，而距離木棉號完全修復還需要兩年的時間。
同年，冷清秋發現了朱晨星在昏迷之前留下的最后遺產，找書苑 wwｗ.zhaoshuyｕan．coｍ一門未完成的超量子粒子炮設計圖，冷清秋在透支自己所有精力的情況下僅僅用一個月的時間就完成了這門超量子粒子炮的最后設計，同時開始命令所有機器人放棄修理木棉號，全力制造這門超量子粒子炮。
當特魯卡文明游騎兵艦隊抵達隕石之時，距離超量子粒子炮的最后完工還有三天的時間。冷清秋孤身犯險，以文明皇帝的身份主動進入特魯卡文明游騎兵艦隊之中向特魯卡文明投降，并且表示所有人類愿意成為特魯卡文明的奴隸，只希望特魯卡文明能夠放人類一條活路。
特魯卡文明用嘲弄的語氣拒絕了冷清秋的要求，同時告訴冷清秋，像冷清秋這樣的領航者在宇宙中是極為值錢的商品，他們只將領航者抓為奴隸，其余的人類全部殺死。
冷清秋斗智斗勇，最終成功地拖延了三天的時間，三天之后超量子粒子炮在蘇醒的冷木棉的命令下，不管冷清秋的死活，強行向特魯卡文明游騎兵艦隊開炮。
最終特魯卡文明游騎兵艦隊全滅，冷清秋也依靠在游騎兵艦隊中找到的一個神秘方塊保住了自己的性命。同時冷清秋終于想起了自己在宇宙游戲系統中選擇的職業，那就是：皇帝
50年1月1日，冷清秋在宇宙游戲系統的強制任務命令下，在重新修復的木棉號飛船上登基稱帝，成為人類文明的唯一皇帝，同時冊歷在和特魯卡文明之戰中立下大功的冷木棉為第一皇女，享有帝國的第一繼承權，雖然此時的帝國只有一艘小小的木棉號飛船而已。
