軒轅正在一籌莫展時，突然天庭派人下來援助，不禁大喜，趕緊把九天玄女迎入大營，調教如何破陣。
第二日，軒轅重整大軍，準備又和蚩尤重新大戰。
蚩尤大叫大喊：“軒轅，你還敢來送死？”
軒轅：“少廢話，今天必破大陣，到時你后悔莫及了。”
軒轅所帥領著人族戰士,在廣成子等一干修士的幫助之下,經過了一陣廝殺之后,終于沖進了九九寂滅大陣之中。
蚩尤也不在意，忙著展開大陣，只見一陣陰風籠罩個全陣，把軒轅全體戰士困在陣中。
在這危險時刻，九天玄女祭起昊天鏡，昊天鏡果然不凡，發出一道白光，剎那，此陣被破，太陽當空，迷霧一空。
軒轅指揮大軍猛沖，蚩尤兵打亂。相柳等十名大巫一看蚩尤兵亂，趕緊沖上。只見一只仙旗出現在空中，發出七彩光芒卷起相柳等十名大巫快速飛走。消失在天際。
風師、雨伯一看不妙，趕緊做法，狂風大作，暴雨連降，沖向軒轅大軍。
這時空中閃出一道人，正是凌霄。只見凌霄現出五爪金龍真身，在云中翻云覆雨，讓兩軍戰士大為驚駭。龍吟一聲，霎那間烈日當空，熱浪滾滾，風雨全消。凌霄乃遠古祖龍化身，這呼風喚雨之術，誰能比得上他呢。由于凌霄在此戰立下大功，后軒轅奉龍為華夏族的圖騰，得到華夏民族子子孫孫的崇拜，億萬中華兒女更自稱為龍的傳人。
這場仗打了三天三夜終于擊敗九黎部落，活捉了蚩尤。九黎戰士見蚩尤被擒獲，沒有了戰意，除了少數拼命抵抗外，大多數歸順了軒轅。軒轅安撫了歸順的九黎族后，消滅了頑抗分子，率軍押解著蚩尤返回了自己的部落。
軒轅返回部落，對天下萬民宣告了蚩尤的罪狀，之后下令將蚩尤處斬。
刑場由軒轅親自主持，而即將行刑的蚩尤一臉不屑的看著軒轅，軒轅見行刑時間移到，大聲說道：“行刑！”劊子手立即用大刀砍在蚩尤的脖子上，“咔”的一聲，由于蚩尤為巫族后裔，肉身強悍，大刀斷為兩截，卻沒能傷及蚩尤分毫。軒轅急忙命令換一把快刀，試了數次，卻未能殺了蚩尤。
蚩尤哈哈大笑：“我乃大巫之體，刀槍不入，想要殺我？做夢吧！”
軒轅道：“蚩尤你別得意。”他拔出廣成子送給他的軒轅劍狠狠向蚩尤砍去。這軒轅劍前身是戮巫劍，連祖巫都可以殺害，何況蚩尤的大巫之體？
只見軒轅劍向蚩尤脖子砍去，喀嚓一聲，蚩尤的頭顱被軒轅劍看落下來，而落在地上的蚩尤頭顱雙眼里滿是不甘之色。
軒轅斬殺蚩尤后，害怕蚩尤死后作亂，又用軒轅劍把蚩尤的四肢砍下，下令將蚩尤的頭顱和四肢分別封印在天地五極。
