在理想生活中，進化論是人們公認的解釋人類來源的說法，即:人類是由猴子演化而來。但在刺客信條的世界觀里，不是這樣的。那么刺客信條世界里的人類是怎樣來的呢？
原來是這樣的：在人類降生之前，在約公元前五萬年，還有一群高聰慧生物存在（至于這些生物是怎樣來的，官方似乎沒有闡明）。這些生物被后世稱為“先行者”，他們的文化被稱為“第一文化”。
先行者是十分強大的種族。他們長得像人一樣，但更高大，更有聰慧。同時，他們具有“第六感”，也就是刺客一脈的“鷹眼”。然后呢，他們創造了“人類”來為他們效勞。
這也就是為什么“先行者”長得像人類了，由于人類就是他們照著本人的樣子做的，幾乎就像上帝對不對？當然了，為了控制人類，人類沒有那么強大，聰明，也沒有第六感。為了保險起見，他們又制造了一系列用來特地壓制人類的武器，比方金蘋果，權杖等等，他們被后世成為“伊甸園圣器”。
做完了這些，先行者們睥睨眾生，以為從此就會萬事大吉了。沒想到人類竟然開端對抗本人。人類呈現了“亞當”和“夏娃”兩位刺客，他們是刺客的始祖。由于他們的先輩曾經與先行者通婚，體內的先行者基因使他們無懼伊甸園圣器。他們偷走了圣器，開端率領人類對抗先行者。（同時，該隱弒兄奪走金蘋果，他也成為了圣殿騎士的始祖）
由于種種緣由，加上本身繁衍才能缺乏，先行者被人類擊敗，自此退出歷史舞臺。而他們制造的圣器卻遺落民間，落入心懷叵測的人手中，引出刺客與圣殿騎士的千年斗爭。
在這里，首先要闡明兩個準繩性問題，這兩個問題不斷被初玩者混雜，以至有人玩了很多也不曉得的概念。
第一，”刺客“不是狹義的刺客，不是《刺客列傳》里的刺客，不是”十步殺一人，千里不留行“的刺客。這些叫殺手”hitman“。刺客是一個具有相同理念的人的組織，和圣殿騎士是并列的。就仿佛沒人以為圣殿騎士都是騎著馬的吧？
第二，刺客與圣殿騎士并無好壞之分。很多人單純的以為本人控制的是刺客，那么刺客就是好人，本人完整是在替天行道。這你就錯了，或者說你被1代2代洗腦了（事實上從3代開端育碧就在為圣殿騎士洗白了）。刺客與圣殿騎士的對立，是由于他們政管理念的不同。刺客以為人性本善，人類應該具有絕對的自在，刺客就是要保衛這種自在。圣殿騎士以為絕大局部人類是性惡且愚笨的，有了自在他們就會作惡。為了人類的戰爭與開展，就需求一些聰慧且品德高尚的人來統治人類（也就是圣殿騎士）。這樣看來，兩邊其實都有錯，不能簡單的以為崇尚自在的刺客就是對的。刺客代表的是無政府主義，圣殿騎士則是集權主義，事實上我還是更支持圣殿騎士的主張的（刺客們不要來查我水表）。
阿泰爾是第三次十字軍東征時期的刺客，而他在1191年成為了兄弟會的首領。他有如此的重要歷史地位不但因為他在刺客與圣殿騎士的戰爭中扮演了關鍵的角色，而且他在整個刺客的血統中也扮演了非常重要的一席。生于兄弟會之中的阿泰爾，其父親是個***信徒而母親則是基督徒，而他在邁斯亞夫的刺客社區長大的，阿泰爾的母親在他出生的時候就死亡而他從年輕時期開始就已經接受刺客首領艾爾·慕瓦林的教導，對于阿泰爾來說，艾爾·慕瓦林就如他的父親一樣。1176年，在第一次邁斯亞夫被圍攻的時候，阿泰爾最好的朋友，刺客Abbas的父親Ahmad Sofian被圣殿騎士所逮捕并想強迫他說出究竟是哪個刺客入侵的營所，而這個入侵的刺客正是阿泰爾的父親，Umar。正當Ahmad快被處決的時候，Umar站了出來并替代了Ahmad。出于自責，Ahmad在阿泰爾家中自殺，那年阿泰爾才11歲，阿泰爾把這件事闡述給兄弟會，但不相信此為事實的Abbas堅信阿泰爾所說的都是假的，并且因此對阿泰爾懷恨在心。由于血統，阿泰爾得到了他獨一無二的禮物：鷹眼，而此給予了阿泰爾更強大的觀察力和更敏銳的戰斗技巧，因此，擁有鷹眼的阿泰爾因驚人的表現最終被認可并在25歲那年就成為了刺客大師。但，也正因為有此能力，他最致命的缺點也開始暴露：傲慢，隨著傲慢的加深，這也成了他最大的死穴。
當Malik去控制這失控的情況之時，阿泰爾獨自走進邁斯亞夫的城堡，在這里等待他的只有艾爾·慕瓦林和他手中的蘋果，這個背叛者解釋蘋果的能力是可以去控制其他人的內心，通過這個能力，人類能得到真正的和平。雖然阿泰爾可以抵擋部分蘋果的影響，但他依然被迫與擁有蘋果，并用其能力放出自己和之前已經被阿泰爾殺死的九個圣殿騎士的幻影的艾爾·慕瓦作戰。阿泰爾擊倒了所有的幻影，并最終殺死了艾爾·慕瓦林，在他臨死前，艾爾·慕瓦林說阿泰爾不會去毀滅蘋果，因為他的那高尚的心不會允許他這樣做……
隨著艾爾·慕瓦林的死亡，阿泰爾成為了兄弟會的新首領，指引著刺客與圣殿騎士繼續對抗，他調查了圣殿騎士從阿卡到塞浦路斯的舉動，并追尋著他們的新領導：Armand Bouchart。與此同時，阿泰爾開始書寫日記（The Codex），以此記錄他的經歷和對伊甸蘋果的研究——正如他導師臨死前所說的，他并沒有把蘋果毀滅掉。在他追尋圣殿騎士的過程中，阿泰爾重遇因為Robert de Sablé的死而不再受騎士團重用的MariaThorpe，她拒絕與阿泰爾合作，因此阿泰爾捉住了她并帶她到了塞浦路斯的利馬索爾，此時整個島已經受到了Bouchart的控制，阿泰爾與刺客的盟友，本地抵抗組織的頭目阿歷山大會面。阿歷山大非常歡喜地把Maria關在利馬索爾的抵港組織據點里，并幫助阿泰爾去搜索他認為圣殿騎士用于藏匿伊甸碎片的檔案館
很不幸，這次搜索因為圣殿騎士攻擊抵抗組織據點而中斷，而Maria更是借此逃到了Bouchart那，但因為Bouchart不相信Maria的忠誠，Maria還是難逃牢獄之災。阿泰爾成功地把Maria救出并帶著她再次追尋Bouchart到達凱里尼亞，阿泰爾嘗試去與Maria解釋，腐敗令圣殿騎士失去了野心，正如自由的重要性過度限制了教團并使之無法得到和平——一切都會因此變得徒勞無功。緊接著他們到達凱里尼亞，阿泰爾開始尋找凱里尼亞抵抗組織首領的幫助，而組織的領導：Barnabas則要求阿泰爾去幫他暗殺商人Jonas，一個被掛上背叛抵抗組織之名的人。而Jonas則通過向阿泰爾透**ouchart的本地官員Moloch以要求抵消他的罪孽。另一方面，Maria被Moloch的兒子Shalim給逮捕。這時阿泰爾才意識到其實這個Barnabas是冒牌的，而且他還是圣殿騎士的間諜，真正的Barnabas早就在阿泰爾來到凱里尼亞前一天被處決。
阿泰爾開始追擊Shalim并且從中得知Maria已經從守衛手中逃脫，偽裝了的Maria進入圣希拉里翁城堡，并質問Shalim的哥哥Shahar，究竟何為騎士團真正的野心。得到答案的Maria剛走，阿泰爾就到達城堡并與兄弟倆對決。順利解決掉他們以后，阿泰爾反回利馬索爾，發現整個城市都處于一片混亂，毫無秩序的抵抗軍和猖獗的圣殿騎士士兵布滿了整個城市，此外，Bouchart的間諜，那個在凱里尼亞扮演Barnabas的人帶隊開始攻擊抵抗軍，并用Jonas的死讓抵抗軍去攻擊阿泰爾——因為間諜知道了伊甸的蘋果就在阿泰爾手上并希望將其奪走。然而得知騎士團想濫用蘋果力量的真正意圖后，Maria及時出現并殺死了Bouchart的間諜，他們二人一起殺進地底檔案室，在接下來的對抗中，Bouchart解釋道其實圣殿騎士團已經開始把他們的資源從塞浦路斯轉移走并以此保護它們不讓刺客獲得。在已經變得空空如也的檔案室，阿泰爾戰勝并殺死了Bouchart，然后和Maria順利逃脫。
在塞浦路斯的事件完結后，阿泰爾告訴Maria他希望投入更多的時間來研究伊甸蘋果的秘密和宇宙的奧秘。Maria則決定加入他的行列并最終變成了他的妻子。她給他生了孩子，而阿泰爾則把他剩余的一生全部奉獻在蘋果的學習上，使用那些他所發現的知識，阿泰爾發明了很多新科技和可以使刺客變得更強的新裝備，例如毒刃和近乎無敵的鎧甲。而借著蘋果的力量他也窺看到遙遠的過去——那次大災難所導致的滅亡，而他的知識也推動他把他的手抄本變成指向那些“先知”的路標。
作為刺客的首領，阿泰爾帶來了各種的革新，拋棄了很多教團之前所用的儀式要素，這些舉動標志著兄弟會的復興并借此變成一個地下組織。隨后，暴君成吉思汗崛起的聲音傳到了他耳邊。相信成吉思汗有今天的霸業全因伊甸的碎片的阿泰爾，帶著Maria和他們大兒子Darim前往東方去阻止即將來臨的危機。
在這期間，阿泰爾讓Malik治理邁斯亞夫和兄弟會，并讓他的小兒子Sef留在Malik身邊，正當阿泰爾離開，Abbas，那個阿泰爾以前的朋友但現在的敵人，殺死了他的小兒子并把責任推卸給Malik，此舉也令他變成了兄弟會的新首領，當阿泰爾回來。Abbas殺死了Malik并嫁禍于阿泰爾，這次事件最終在憤怒的阿泰爾用蘋果的力量下結束，而這也意外地令Maria身亡，悲痛欲絕的阿泰爾離開了邁斯亞夫，而Abbas成功地奪得了兄弟會的控制權。直到了20年后阿泰爾的回歸才把事情搬回正軌，此時，邁斯亞夫的刺客們熱烈的期待著他們領導的歸來，并幫助阿泰爾去除去Abbas。
再次執掌兄弟會的阿泰爾，在邁斯亞夫建立起了一個藏書室，在1257年，他邀請探險家Maffeo和ò Polo兄弟來參觀圖書館，阿泰爾詳述了他的一生給ò，而他則把這些經歷都寫下來并傳給了他兒子馬可波羅（）。與此同時，阿泰爾開始把慢慢地解散了兄弟會——為了把更多的刺客派遣到世界各地。該年年末，因為成吉思汗的死而來報復的蒙古軍隊包圍了邁斯亞夫，阿泰爾幫助Maffeo和ò兄弟逃離了城市，并給予他們五個同時也是阿泰爾秘密圖書館的鑰匙的記憶印章，同時他也把他的手抄本，各種用具和私人物品給予了探險家兄弟倆，相信他們有能力把刺客的種子播滿全世界……
阿泰爾?伊本?拉阿哈德——1165-1257
刺客信條代行者們的前世今生——艾吉奧
艾吉奧·奧迪托雷表面上是個佛羅倫薩貴族，但背后的他，其實是作為關鍵人物一般存在于刺客兄弟會之中的偉大刺客。追隨這他父親和他叔叔的腳步，艾吉奧貢獻了他的大半生來與圣殿騎士抗爭。解決了數位重要的圣殿騎士和粉碎了大部分他們的計劃，而他的奮斗也令他贏取了他那刺客導師的頭銜。
艾吉奧是銀行家 Auditore和他妻子Maria的第二個兒子，早年的他并不知道他自己是刺客后裔，過著無憂無慮的生活。他經常要代替他父母去照看他那些年輕的弟妹，閑來沒事的日子里也會找其他貴族打打架（編注：嘴上的標志傷痕由此而來）。而他也與本地美女Cristina 有一段浪漫的關系。但好景不長，因為他父親和兄弟們的被捕和遇害，這一切美好的生活也就此消失，這一年是1476年。
在處決行刑前的一晚，艾吉奧聯系上了他的父親，父親告訴他去找到那隱藏在他們家里的秘密寶箱，在那里邊，艾吉奧找到了他父親的刺客服和袖劍，而且還有一封寫給Uberto Alberti的信，用這封信可以證明他們一家的清白，艾吉奧把這封信傳遞給了Alberti，但他背叛了艾吉奧和他父親，這個所謂Auditore家族盟友的人其實從一開始就是這個陰謀的始作俑者之一，年僅17歲的艾吉奧看著他的父親和兄弟被絞死。他起誓，Alberti會因為他的背叛而付出代價，為了保命，艾吉奧需要躲起來，幸運的是，艾吉奧在這個城市里邊依然有朋友。首先他在一個名為Rosa Colta的妓院找到了藏身之所，而妓院的主人：在隨后則教會了艾吉奧如何隱藏在人群之中。他的戀人Cristina 幫他埋葬了他的父親和兄弟。而艾吉奧還找到了達芬奇（Leonardo da Vinci），他用阿泰爾的手抄本修理了艾吉奧父親的袖劍。一切準備就緒之后，艾吉奧實現了他的諾言，把劍插進了Alberti……
事成之后艾吉奧帶著他的母親和妹妹計劃逃向西班牙。他原指望可以逃到他們家族在蒙特里久尼（）的別墅，但卻在市郊遭到他的小敵人Vieri的埋伏，而Vieri也是殺害他父親和兄弟的那個陰謀的一份子，正當艾吉奧陷入苦戰之時，他的舅舅 Auditore及時出現并拯救了他們，在的傭兵的掩護之下，艾吉奧順利地到達了蒙特里久尼。表面上是普通傭兵隊長(condottiero)的，其實就是意大利的刺客首領。他對艾吉奧解釋了兄弟會的本質并對其進行了一些必須技巧的訓練。他們一家一直在蒙特里久尼待到1478年直到艾吉奧道出他的意圖并希望繼續前往西班牙，在他們準備離開之時，突然得知他叔叔準備前往圣吉米納諾并與Vieri作交易，感覺不對勁的艾吉奧決定去援助他舅舅，在艾吉奧的幫助下，擊退了Vieri的軍隊而艾吉奧則成功殺死了Vieri。
在圣吉米納諾的時候，艾吉奧發現Vieri，他叔祖父，他父親和一個神秘西班牙人（后來艾吉奧知道他就是圣殿騎士首領Rodrigo ）有一個秘密會談，他們四人一起商討一個謀殺佛羅倫薩管理者Lorenzo de' Medici的計劃，而他的兄弟Giuliano則希望借圣殿騎士之名得到這個城市的控制權。得知此陰謀的艾吉奧在刺客兼本地盜賊首領的La Volpe幫助下倉促地返回佛羅倫薩，他拯救了Lorenzo并殺死了，Lorenzo非常感激艾吉奧的出手相救，并還了艾吉奧一家的清白，而他還給了艾吉奧一份名單，里邊包含了所有依然生存的共謀者的名字。之后的兩年，艾吉奧一個接一個地把他們解決掉，直到他終于有與Rodrigo 和 de' Pazzi面對面的機會——當Rodrigo 正因為無法奪下佛羅倫薩而處決他，艾吉奧的到來讓逃走，但在場的第三個人，威尼斯商人 Barbarigo在之前的對話中暗示了自己的目的地：威尼斯，而艾吉奧則尾隨其而去。
當艾吉奧經過亞平寧山脈去威尼斯的時候，他巧遇到自己也準備到威尼斯的老朋友達芬奇。路上他們受到了軍隊的攻擊，不過他們還是順利到達了佛利，他們希望在這里獲得特許并乘船去威尼斯。在那里艾吉奧在一個湖中一塊四面環水的巖石上巧遇了佛利的統治者Caterina Sforza，英雄救美后，為了答謝艾吉奧，Caterina Sforza給他們倆乘船許可，而他們也因此順利地前往威尼斯。
到達了威尼斯的艾吉奧急急忙忙地繼續追蹤著Barbarigo，為此他找到了另一個本地刺客 de Magianis，1485年，在和他學徒Rosa的幫助下，艾吉奧成功刺殺Barbarigo，與此同時，他發現了另外一個同謀：圣殿騎士Carlo Grimaldi，而他也是威尼斯議會的成員之一，他想利用他的身份靠近并殺死威尼斯的總督，如果此計劃成功，另一個圣殿騎士 Barbarigo即可取代他的位置成為新的總督。利用達芬奇發明的飛行器，艾吉奧越過層層障礙飛達總督府，但一切已經太晚了，陰謀率先成功，雖然艾吉奧還是殺死了Grimaldi，但他也因此被污蔑成刺殺總督的罪犯，成了整個威尼斯的通緝犯，無奈的艾吉奧只能暫時逃離威尼斯……
第二年，艾吉奧在狂歡節期間回到了威尼斯，已經被全城通緝的他只能用面具暫時掩飾他的身份，這次他與，達芬奇和本地妓女首領Contanto一起尋找刺殺新任總督 Barbarigo的機會。通過贏下一系列的比賽，艾吉奧獲得了參加總督私人派對的資格，并在那里用達芬奇制造的袖槍殺死了 Barbarigo。至此，威尼斯僅剩下兩個同謀： Barbarigo和Dante Moro，為了躲避暗殺他們一起躲進了威尼斯的兵工廠里邊，不過在傭兵隊長Bartolomeo d'Alviano的幫助之下，艾吉奧沖破了防守并殺死了他們倆。在 Barbarigo臨死前，他道出了圣殿騎士正在籌備前往塞浦路斯執行一個神秘的行動。
兩年之后，正當艾吉奧度過他28歲生日那天，他得知圣殿騎士的船從塞浦路斯帶回了一個神秘貨物。喬裝成其中一個護衛，艾吉奧通過追蹤包裹，最終在此遇到了Rodrigo ，而且艾吉奧還得知了這次的貨物的真面目：伊甸的蘋果，根據阿泰爾手抄本的預言，此正是與其中一個“先知”溝通的重要物品。隨后艾吉奧與展開戰斗，但這場戰斗卻被其他的刺客的亂入所打斷，，，，Teodora，La Volpe和Bartolomeo一起出現并保護了蘋果的安全，而他們也一一揭開他們的真實身份，并最終在眾人和ò Machiavelli的見證下，艾吉奧終于正式成為了兄弟會的一員。
式完結后，Machiavelli帶著艾吉奧回到佛利城，并希望把伊甸的蘋果藏匿于此以便他們的盟友Caterina Sforza對其進行保護，但當艾吉奧到達那里，發現整個佛利城正遭受和 Orsi兄弟所帶領軍隊的攻擊，正當艾吉奧和Machiavelli與軍隊對抗的時候，成功偷取了蘋果，逼迫艾吉奧只能去追他，雖然最終艾吉奧還是捉住并殺死了，但他也嚴重受傷并垮掉，而在他暈倒之前， 出現并在他面前奪走了蘋果……
不久之后，西班牙兄弟會分支的其中一個刺客Luis de Santángel找到艾吉奧并希望他能幫忙，艾吉奧同意了他的要求并去保護哥倫布（Christoffa Corombo），避免他橫越大西洋的航行被圣殿騎士的間諜所終止。與此同時Luis告訴艾吉奧，有一個被圣殿騎士操縱的檢察官: Tomás de Torquemada正攻擊著西班牙當地刺客。為此，艾吉奧前往西班牙，拯救了數個刺客并最后確保了哥倫布的艦隊成功開始了它的旅程。
事情完結后艾吉奧返回意大利繼續尋找伊甸的蘋果。1497年，他回到了佛羅倫薩，在那里他發現Lorenzo de' Medici已經被殺死，而后者更是取代了前者的位置，開始用蘋果操縱著民眾，而艾吉奧的前戀人Cristina 和他丈夫他也被所操縱的暴民給謀殺。在Machiavelli的幫助下，艾吉奧開始了解放所控制的佛羅倫薩的計劃。首先刺殺了的副官，然后把蘋果從他身邊奪回來。脫離了蘋果的控制人民立刻調轉槍頭攻擊這死僧侶并準備用火活活把他燒死，但艾吉奧給了他一絲仁慈，在他被烈焰觸碰前就把他給解決掉了……
順利拿回蘋果之后，刺客們在蒙特里久尼碰頭并開始相討更長遠的計劃。隨著更深入地學習阿泰爾的手抄本，刺客們從手抄本的碎頁中拼出了一個世界地圖并順利地通過蘋果中找到了更多神秘的地點，在這里他們發現一個位置在羅馬西斯廷教堂下的秘密地下室。不幸的是，Rodrigo 已經提前一步知道這件事，而此時他更是已經獲得了教宗阿歷山大六世的稱號。1499年，刺客們襲擊羅馬，而艾吉奧則單騎闖入西斯廷教堂獨自面對。最終決戰開始，用同為伊甸的碎片的教宗十字攻擊艾吉奧，而他則用蘋果的力量予以還擊，最終蘋果的力量還是更勝一籌，但獲勝的艾吉奧并沒有殺死，他把教宗十字與伊甸的蘋果拼在一起并順利打開了地下室的隱藏通道，里邊一個自稱Minerva的幻影告訴艾吉奧人類在未來將會面臨重大的災難……
帶著各種困惑和未知，艾吉奧在1500年回到蒙特里久尼，并告訴他的刺客伙伴們在羅馬所發生的一切，Machiavelli對他沒有殺死表示失望并表示他會去完成艾吉奧未完成的工作。而這時Caterina Sforza找到了艾吉奧并想聘用蒙特里久尼的傭兵，他們倆共度春宵，但早上的炮擊聲把他們從美夢中拉回現實，Rodrigo 派他兒子Cesare來找艾吉奧算賬來了。艾吉奧和城里邊的傭兵給市民逃生爭取了時間，但在此過程中悲劇發生了，被Cesare所殺死，艾吉奧自己則中槍受傷，Caterina被捉，而最重要的蘋果更是被奪走了……
為了奪回蘋果，艾吉奧馬不停蹄地趕向羅馬，但過重的傷勢令他在路上失去了意識，當他醒來之后他發現他已經在羅馬了，他被不知名的人救起并接受著治療——當然他后來會知道這個不知名的人正是Machiavelli，他聯系上了現在刺客的執行領導Machiavelli，而他們則開始攻擊父子的計劃，首先，艾吉奧潛入到圣天使城堡并就出了Caterina，然后艾吉奧和Machiavelli開始削弱父子對羅馬的控制：艾吉奧摧毀所有的塔，征召和訓練刺客軍團并迅速干掉Cesare的副官，而另一方面，艾吉奧也聯系上了他的老朋友達芬奇，此時的達芬奇正在Cesare強迫之下為其制造新的機器。艾吉奧得知位置后去把這些機器全數給毀滅掉。因為這種種的成就，艾吉奧從得到了Machiavelli那得到了刺客導師（Mentor）這個頭銜。
兩年后，就在埃齊奧（）誕辰28周年之際，他發現騎士團（Knights of the Knights）從塞浦路斯回收了這批神秘貨物。根據Alta?r對這份手稿的預測，偽裝成一名警衛，追蹤包裹并最終與Rodrigo 見面，發現了產品的真實面孔。這是與“先知”之一交流的重要項目。后來，埃齊奧（）和波吉亞（）進行了戰斗，但戰斗被其他刺客阻止，馬里奧（），安東尼奧（），保羅（），特奧多拉（Teodora），拉沃爾佩（La Volpe）和巴托洛米奧（Bartolomeo）一起出現，保護了蘋果的安全。埃齊奧（）揭示了自己的身份，并最終在人群和尼古拉·馬基雅維里（òMachiavelli）的見證下，正式成為兄弟會成員。
事件發生后，馬基雅維利（Machiavelli）將埃吉奧（）帶到福特城（Ford City）隱藏伊甸園的蘋果，并試圖將伊甸園的蘋果隱藏在這里，以幫助Caterina Sforza保護它們。福特市受到捷克共和國和盧多維科·奧爾西（ Orsi）兄弟帶領的部隊的攻擊，而埃齊奧（）和馬基雅維利（Machiavelli）面對軍隊時，盧多維科（）偷了一個蘋果，并最終迫使埃齊奧（）追捕他。他仍然抓捕并殺害了，但他受了重傷并倒下，在身亡之前， Mo 出現并道歉。
很快，西班牙兄弟會分部的一名刺客路易斯·德·桑坦格爾（Luis deSantángel）向埃齊奧尋求幫助，埃齊奧同意了他的要求，并保護克里斯托法·科倫坡免于跨大西洋航行。由圣堂武士間諜結束。同時，路易斯對埃齊奧（）表示，由圣殿騎士操縱的:托馬斯·德·托克瑪達（Tomásde Torquemada）襲擊了當地的西班牙刺客。為此，埃齊奧（）前往西班牙，營救了多個刺客，并最終確認哥倫布的艦隊已經開始了成功的旅程。
問題解決后，埃齊奧返回意大利，繼續尋找伊甸園的蘋果。 1497年，他回到佛羅倫薩，洛倫佐·德·梅迪西（Lorenzo de'Medici）被薩沃納羅拉（）謀殺，后者取代了前者并開始使用蘋果操縱人，而埃齊奧的前戀人克里斯蒂娜·維斯普奇（Christina ）也遭到薩沃納羅拉（）操縱的暴徒的襲擊被殺了。在馬基雅維利的幫助下，埃齊奧開始計劃在薩沃納羅拉的控制下解放佛羅倫薩。首先暗殺了薩沃納羅拉中尉，然后將蘋果公司帶回。那些不在蘋果控制范圍內的人立即用槍開槍攻擊死去的和尚，并準備用火將他燒死，但是艾喬（）伸出了友好的手，將他解決，然后才到達火焰。
將蘋果帶回美國后，刺客們在Monte Ridge Oni會面，并開始討論長期計劃。隨著他們對阿爾泰手稿的更多了解，刺客們成功地用切碎的手稿創建了世界地圖，并通過位于羅馬的蘋果公司成功地找到了更多神秘的地方。西斯廷教堂下的秘密地下室。不幸的是，羅德里戈·波吉亞（Rodrigo ）已經提前知道了這一步驟，現在獲得了教皇亞歷山大六世的頭銜。在刺客于1499年襲擊羅馬時，埃齊奧（）獨自與Sissia教堂一起去了。在最后一戰中，博吉亞（）用教皇的十字架和伊甸園的碎片攻擊了埃齊奧（），并恢復了蘋果的實力，但最終蘋果的實力得到了提高，但勝利的埃齊奧（）并未殺死。博爾吉亞（）成功地將教皇的十字架與伊甸園（Eden）的蘋果放在一起，并成功地在地下打開了一條隱藏的通道。
埃齊奧感到困惑和未知，于1500年返回蒙特里久尼，并向刺客伙伴介紹了羅馬發生的事，馬基雅維利對他沒有殺死博吉亞感到失望。 未完成的工作。現在，卡特琳娜·斯福爾扎（Caterina Sforza）想找到埃齊奧（）并從蒙特里久尼（）雇用雇傭軍，兩個人都參加了春節，但是在早晨，炮擊聲從夢中恢復了。羅德里戈·波吉亞（Rodrigo ）派兒子塞薩爾（Cesare）尋找埃吉（Egie）。這是您的帳戶。埃齊奧（）和城市中的雇傭軍為爭取公民逃脫而奮斗，但過程中發生了悲劇，瑪麗莎（Marissa）被切薩雷（Cesare）殺死，埃齊奧（）本人被槍殺并受傷，卡特琳娜（Caterina）被捕，最重要的蘋果被清除.
